Södertörns högskola är en statlig myndighet som styrs av lagar, förordningar och andra författningar. Högskolan styrs också av interna styrdokument. Högskolegemensamma styrdokument beslutas främst av högskolestyrelse, rektor, förvaltningschef och fakultetsnämnd. Syftet med enhetliga och gemensamma styrdokument är att utveckla och kvalitetssäkra verksamheten och nå önskade resultat.